果汁饮料中的人工色素危害不容忽视。过量色素进入儿童体内，容易沉着在不成熟的消化道粘膜上，引起食欲下降和消化不良。过量色素在体内积蓄，还会于扰体内多种酶功能，对儿童新陈代谢和体格发育造成不良影响。如以饮料代替水，这些孩子常常表现为食欲不振，多动，用动，脾气乖张，身高体重不足。他们将这种情况称为“果汁饮料综合症”。
果汁中含有过量果糖，会阻碍人体对铜的吸收。铜是人体必需的一种微量元素，缺少它将会影响血红蛋白的生成，从而导致贫血。
嗜饮果汁饮料儿童有些体格发育呈现两极分化：要么过瘦，要么过胖。市售饮料中糖果分含量过高，使食欲本不旺盛的儿童从饮料中获得不少热能，从而影响正餐进食。长此下去必将造成蛋白质、某些维生素、矿物质和微量元素摄影入不足，影响体格和智力发育。而对于本来食欲旺盛的儿童，在正餐之外，又从饮料的糖分中获得过多能量，造成能量过剩，便会以脂肪形式贮存起来，结果导致肥胖。
